A região ao redor de Turpan tem uma história de interação e conflitos de muitos povos.
Evidências arqueológicas recentemente descobertas, como as múmias encontradas nas Tumbas de Xiaohe, perto da fronteira oeste de Xinjiang e em outros lugares, mostram que há 3.000 e 4.000 anos caucasianos viviam em Xinjiang.
Visto que nenhuma múmia ou artefatos de pessoas mongolóides foram encontrados naquela data antes de 1.000 aC, esta é uma evidência de que os habitantes originais da área eram caucasianos. Acreditava-se que os caucasianos viviam principalmente na Europa, então os historiadores têm reescrito a história com base em testes de DNA de certas múmias e no estilo europeu de roupas e artefatos avançados da idade do bronze que foram descobertos.
É óbvio que a Ásia Central estava culturalmente ligada à Europa. Algumas múmias e seus artefatos podem ser vistos no Museu da Região Autônoma de Xinjiang Uighur .
Pouco se sabe sobre a história da área ao redor de Turpan entre 1.000 DC e 0 AC. Mas quando o comércio entre o Império Han e os países ocidentais começou por volta de 100 aC, sabe-se que a área se transformou em uma fortaleza e uma área de parada de oásis em um Rota da Rota da Seda .
Os comerciantes seguiram a base da longa crista do Montanhas Flamejantes que vai de leste a oeste ao longo da borda norte da Bacia de Turpan.
A cerca de 30 quilômetros ou cerca de 20 milhas a oeste da moderna Turpan, uma grande cidade-fortaleza chamada Gaochang foi construída ao longo da rota comercial que eventualmente teve uma área real interna, paredes internas e externas. Sabe-se que era multiétnico e multirreligioso porque tanto caucasianos quanto mongolóide múmias foram encontradas nas tumbas de Astana, cerca de 4 quilômetros ao norte de Gaochang.
As cavernas de Bezeklik, que ficam nas Montanhas Flamejantes, cerca de 10 quilômetros ao norte, eram um local religioso que exibia pinturas de budistas caucasianos e mongolóides. Uma igreja cristã foi encontrada fora das paredes de Gaochang. As paredes de Gaochang eram feitas de taipa e adobe. As paredes externas tinham cerca de 11 metros ou 37 pés de altura e formavam quase um quadrado. A parede externa se estendia por 5,4 quilômetros ou 3,4 milhas e a parede interna se estendia por cerca de 3,3 quilômetros ou 2 milhas. Nos tempos antigos, a cidade era considerada grande. Os mongóis destruíram a cidade no século 13.
Jiaohe era outra grande cidade-fortaleza construída na mesma época em uma pequena ilhota no meio de um rio, cerca de 11 quilômetros a leste da moderna Turpan. A ilhota tem cerca de 1.650 metros de comprimento e trezentos metros de largura em seu ponto mais largo. O rio e os lados íngremes da ilhota de 30 metros de altura eram suas defesas. Diz-se que os mongóis destruíram a cidade também no século 13.
Sem muita história, por volta de 650 DC a Dinastia Tang conquistou a área. Então, os Tang foram atacados pelo Tibete e perderam muito território, e mais ou menos na mesma época, o povo uigur assumiu o controle do norte de Xinjiang por volta de 842 DC. O maniqueísmo era a principal religião desses uigures. A religião está extinta, mas já foi uma das principais religiões do mundo. Então, alguns dos uigures adotaram o budismo e outros aceitaram o cristianismo.
No século 17, os Dzungars mongóis estabeleceram um império sobre grande parte da região. Mas então a Dinastia Qing os exterminou e acredita-se que um milhão de pessoas foram mortas em uma grande região ao redor de Urumqi. A Dinastia Qing trouxe pessoas de outras áreas para reassentar a área.
Durante a metade do século 19, houve várias grandes rebeliões de muçulmanos em Yunnan, província de Shaanxi e província de Gansu. Essas rebeliões foram encorajadas pela Rebelião Taiping, inicialmente bem-sucedida, de pessoas que tinham algumas crenças cristãs. Em 1864, os uigures e não uigures muçulmanos iniciaram uma rebelião na área de Xinjiang. A Dinastia Qing rapidamente os derrotou e retomou a maior parte do território perdido.